Vor der Jahrtausendwende fand der Berufsmaturitätsschulunterricht an zwei Abteilungen der damaligen Berufsschule für Weiterbildung Zürich (BWZ) statt. In der Abteilung an der Lagerstrasse beim Hauptbahnhof wurde das technische und gewerbliche Profil angeboten, in der Abteilung an der Herostrasse beim Bahnhof Altstetten das gestalterische Profil.

Im Jahr 2001 standen die Berufsschulen in der Stadt Zürich vor einer grösseren Reorganisation. Im Zuge dieser Umstrukturierung sah der damalige Leiter der technischen und gewerblichen Berufsmaturitätsschule, Markus Lippuner, den Zeitpunkt gekommen, die beiden BM-Abteilungen von der Berufsschule für Weiterbildung loszulösen und zu einer eigenständigen Berufsmaturitätsschule zu formieren.

Bereits ein Jahr später war es soweit: Die technische und gewerbliche Berufsmaturitätsschule an der Lagerstrasse und die gestalterische Berufsmaturitätsschule an der Herostrasse wurden zur Berufsmaturitätsschule Zürich (BMZ). Dabei blieben die beiden Standorte erhalten. An der gestalterischen Berufsmaturitätsschule (GBMS), die 1970 an der Schule für Gestaltung Zürich / Kunstgewerbeschule (der heutigen Zürcher Hochschule der Künste) gegründet und 1988 vom Kanton Zürich übernommen worden war, wurde weiterhin das gestalterische Profil angeboten. An der technischen und gewerblichen Berufsmaturitätsschule kam im Gründungsjahr der Berufsmaturitätsschule Zürich noch das gesundheitliche Profil dazu.

Mit der Totalrevision der Verordnung über die eidgenössischen Berufsmaturität, welche 2009 in Kraft trat, kam es zu grundlegenden Erneuerungen. Ziel war es, das Angebot flexibler und durchlässiger zu machen. Die bisherigen Berufsmaturitätsrichtungen wurden zugunsten einer Schwerpunktsetzung, welche sich nach wie vor am erlernten Beruf und am Studienangebot der Fachhochschulen orientiert, aufgegeben. Zusätzlich wurde das interdisziplinäre Arbeiten verstärkt. Es folgte die Ausarbeitung eines neuen gesamtschweizerischen Rahmenlehrplans und darauf aufbauend der kantonale Lehrplan, gemäss welchen die ersten Lehrgänge seit August 2015 unterrichtet werden.

Fast zeitgleich ergab sich für die Berufsmaturitätsschule Zürich eine weitere richtungsweisende Veränderung: Durch das neue Corporate Design des Kantons Zürich wandelte sich auch das äussere Erscheinungsbild der Berufsmaturitätsschule Zürich. Seit der Implementierung des neuen Lehrplans im August 2015 treten beide Standorte nach aussen und innen einheitlich auf.

Die diversen Neuerungen bewirkten auch einen strukturellen Wandel: Die Zusammenarbeit wurde intensiviert und seit dem Schuljahr 2017/18 gibt es für beide Standorte eine gemeinsame Schulleitung und Verwaltung. Ein Umzug an einen gemeinsamen Schulort ist für das Jahr 2030 vorgesehen.